1999 r.
4)  Księga Jubileuszowa Królewskiego Miasta Starogardu, pod red. J. Borzyszkowskiego, t. 1, Starogard Gdański-Gdańsk 1998;
     t. 2, Starogard Gdański-Gdańsk 1999 – głównym wydawcą były władze miasta.

5)  Stryjec mało znany, Lębork 1998 – katalog do wystawy wydany wspólnie z Muzeum w Lęborku.

6)  Ks. Bernard Sychta, Kultura materialna Borów Tucholskich, odnalazł i wstęp napisał Józef Borzyszkowski, Gdańsk-Pelplin 1998.

7)  Świecie. Księga jubileuszu 800-lecia, pod red. J. Borzyszkowskiego, Świecie-Gdańsk 1998 – głównym wydawcą był Urząd Miasta w Świeciu.

8)  Józef Borzyszkowski, Jan Mordawski, Jerzy Treder, Historia, geografia, język i piśmiennictwo Kaszubów. Historia, geografia,
     jăzëk i pismienizna Kaszëbów, Gdańsk-Gduńsk 1999 – głównym wydawcą było Wydawnictwo Marek Rożak.

9)  Rodzina pomorska, pod red. J. Borzyszkowskiego, Gdańsk 1999 – wydana wspólnie z Nadbałtyckim Centrum Kultury.

10)  Ryszard Stryjec 1932-1997. Danziger Graphiker und sein Werk, Danzig-Düsseldorf 1999
      (katalog wystawy zorganizowanej w Instytucie Kultury Polskiej w Düsseldorfie).

11)  Cezary Obracht-Prondzyński, Jan Karnowski (1886-1939). Pisarz, polityk i kaszubsko-pomorski działacz regionalny, Gdańsk 1999.

12)  Dom słowa Anny Łajming, pod red. J. Kęcińskiej, Gdańsk 1999 – współwydawcą było Muzeum Piśmiennictwa i Muzyki
       Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.

13)  Borzyszkowy i Borzyszkowscy, t. VI, pod red. J. Borzyszkowskiego, Gdańsk-Lipusz 1999 – współwydawcą był Oddział ZKP w Lipuszu.

14)  Bronisław Brandt, Moja saga wojenna 1939-1947, Gdańsk 1999.

15)  Jan Wojciechowski, W pomorskich lasach. Wspomnienia leśniczego-myśliwego, Gdańsk 1999 – współwydawcą był Zarząd Główny ZK-P.

16)  Bolesław Jażdżewski, Wspomnienia kaszubskiego gbura, cz. III: Okres powojenny, Gdańsk 1999.

17)  Księga pamiątkowa Kongresu Pomorskiego. Gdańsk 1997 – Szczecin 1998,
       pod red. J. Borzyszkowskiego, S. Pestki, C. Obracht-Prondzyńskiego, Gdańsk 1999 – współwydawcą był Zarząd Główny ZK-P.

18)  Marianne Wannow, Kaszubi. Die Kaschuben, tłum. M. Szewczyk, H. Nogossek, Gdańsk 1999.

19)  Cezary Obracht-Prondzyński, Pomorski ruch regionalny. Szkic do portretu, Gdańsk 1999 – współwydawcą był Zarząd Główny ZK-P.


2000 r.
20)  Splitter von slawischen Gedichte. Okruchy poezji słowiańskiej, opr. J. Borzyszkowski, Gdańsk 2000.

21)  Andrzej Romanow, Gdańsk zapomniany... Szkice z dziejów miasta 1914-1939, Gdańsk 2000.

22)  Problemy animacji kultury na Pomorzu, pod red. C. Obracht-Prondzyńskiego, Gdańsk 2000.

23)  Literatura kaszubska – książka, twórca i biblioteka, pod red. J. Borzyszkowskiego, Gdańsk 2000.

24)  Jan Piepka, Krzyk ptaków, Gdańsk 2000.

25)  Muzea a dziedzictwo kulturowe Pomorza, pod red. J. Borzyszkowskiego, Gdańsk-Wejherowo 2000 – współwydawcą było
       Muzeum Piśmiennictwa i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.

26)  Pomorze – mała ojczyzna Kaszubów. Historia i współczesność. Kaschubisch-Pommersche Heimat. Geschichte und Gegenwart,
       pod red. J. Borzyszkowskiego i D. Albrechta, Gdańsk-Lubeka 2000 – współwydawcą był Zarząd Główny ZK-P i Ostsee Akademie.

27)  Józef Borzyszkowski, Z dziejów Kościoła katolickiego na Kaszubach i Pomorzu w XIX i XX wieku, Gdańsk-Pelplin 2000
       – współwydawcą było WDP "Bernardinum".

28)  Zygmunt Szultka, Szkice historyczne o dawnej Łebie, Gdańsk 2000 – współwydawcą był Oddział ZK-P w Łebie.

29)  Losy Tajnej Organizacji Wojskowej "Gryf Pomorski", pod red. J. Borzyszkowskiego, Gdańsk 2000 – współwydawcą był Zarząd Główny ZK-P.

30)  Arno Giese, Królowa narodu, cz. I: Przewodnik po wybranych sanktuariach maryjnych Pomorza, Gdańsk-Pelplin 2000
       – współwydawcą było WDP "Bernardinum".


2001 r.
31)  Józef Borzyszowski, Tam, gdze Kaszëb początk... Dzieje i współczesność wsi gminy Karsin, Gdańsk-Karsin 2001.

32)  Z dziejów kultury Pomorza XVIII-XX wieku, pod red. J. Borzyszkowskiego, Gdańsk 2001
       – wydana wspólnie z Wydawnictwem Uniwersytetu Gdańskiego.

33)  Badania kaszuboznawcze w XX wieku, pod red. J. Borzyszkowskiego i C. Obracht-Prondzyńskiego, Gdańsk 2001.

34)  Ryszard Mielczarek, Budowa portu w Gdyni w latach 1924-1939, Gdańsk 2001.

35)  Chrześcijaństwo na Pomorzu w X-XX wieku, pod red. J. Borzyszkowskiego, Gdańsk-Słupsk 2001
       – wydana wspólnie z Muzeum Pomorza Środkowego.


2002 r.
36)  Cezary Obracht-Prondzyński, Kaszubi – między dyskryminacją a regionalną podmiotowością, Gdańsk 2002
       – wydana wspólnie z Wydawnictwem Uniwersytetu Gdańskiego.

37)  Życie codzienne na Kaszubach i Pomorzu na przełomie XIX i XX wieku, pod red. J. Borzyszkowskiego, Gdańsk 2002
       – wydana wspólnie z Instytutem Herdera w Marburgu.

38)  Cezary Obracht-Prondzyński, Ku samorządnemu Pomorzu. Szkice o kształtowaniu się ładu demokratycznego, Gdańsk 2002
       – wydana wspólnie z Wydawnictwem Uniwersytetu Gdańskiego.

39)  Józef Borzyszkowski, Kaszubsko-pomorscy duszpasterze – współtwórcy dziejów regionu, Gdańsk 2002
       – wydana wspólnie z WDP "Bernardinum".

40)  Bolesław Jażdżewski, Wspomnienia kaszubskiego gbura, cz. II: Mój udział w drugiej wojnie światowej, Gdańsk-Wejherowo 2002
       – współwydawcą było Muzeum Piśmiennictwa i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.

41)  Pasje przyrodnika. Wspomnienia Józefa Pozorskiego, opr. B. Arsoba, Gdańsk 2002.

42)  Jan Piepka (Staszków Jan), Spiewa i lza, Gdańsk 2002.

43)  Marian Kubera, Władysław Sobecki, 1000 lat i co dalej..., Gdańsk-Wejherowo 2002 – współwydawcą było Muzeum Piśmiennictwa
       i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.

44)  Marian Fryda, Wieś pomorska w pierwszym okresie panowania pruskiego na przykładzie klucza gemelskiego w powiecie
       człuchowskim (1772-1830), Gdańsk 2002.

45)  Józef Borzyszkowski, Aleksander Majkowski (1876-1938). Biografia historyczna, Gdańsk-Wejherowo 2002
       – współwydawcą było Muzeum Piśmiennictwa i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.

46)  Józef Borzyszkowski, Die Kaschuben, Danzig und Pommern, Gdańsk-Wejherowo 2002 – współwydawcą było Muzeum Piśmiennictwa
       i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.


2003 r.
47)  Pro memoria. Róża Ostrowska (1926-1975), zebrał i opracował J. Borzyszkowski, Gdańsk-Wejherowo 2003
       – współwydawcą było Muzeum Piśmiennictwa i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.

48)  Hieronim Rybicki, Nazywano ich Słowińcami, cz. II: Wybór źródeł, Gdańsk-Wejherowo 2003 – współwydawcą było Muzeum
       Piśmiennictwa i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.

49)  Joanna Schodzińska, Franciszek Sędzicki. Biografia historyczna, Gdańsk-Wejherowo 2003 – współwydawcą było Muzeum Piśmiennictwa
       i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.

50)  Cezary Obracht-Prondzyński, W kręgu problematyki kaszubsko-pomorskiej. Studia i szkice, Gdańsk-Wejherowo 2003
       – współwydawcą było Muzeum Piśmiennictwa i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.

51)  Bolesław Jażdżewski, Jôrmark w Borzëszkach, opr. E. Gołąbek, Gdańsk 2003.

52)  Pro memoria. Józef Bruski (1908-1974), zebrał i opracował J. Borzyszkowski, Gdańsk 2003.

53)  Jowita Kęcińska, Geografia życia literackiego polskiego i kaszubskiego kręgu kulturowego na Pomorzu Nadwiślańskim w latach
       1772-1920, Słupsk-Gdańsk 2003 – współwydawcą była Pomorska Akademia Pedagogiczna w Słupsku.

54)  Instytut Kaszubski w latach 1996-2002, opr. C. Obracht-Prondzyński, Gdańsk 2003.

55)  Instytut Kaszubski w latach 1996-2003, opr. C. Obracht-Prondzyński, Gdańsk 2003.

56)  Józef Borzyszkowski, Tam gdze Kaszëb początk. Dzieje i współczesność wsi gminy Karsin, II wyd., Gdańsk-Karsin 2003.


2004 r.
57)  Pro memoria. Anna Łajming (1904-2003), zebrał i opracował J. Borzyszkowski, Gdańsk 2004.

58)  Pro memoria. Lech Bądkowski (1920-1984). Żołnierz – pisarz – obywatel, zebrał i opracował J. Borzyszkowski, Gdańsk 2004.

59)  Ksiądz Patron Bolesław Domański (1872-1939) a tradycje Związku Polaków w Niemczech na Krajnie, red. J. Kęcińska,
       Gdańsk-Wielki Buczek 2004 – współwydawcą był oddział ZK-P w Wielkim Buczku.

60)  Józef Borzyszkowski, Alfons Klejna, Boże Męki. Krzyże i kapliczki przydrożne na Kaszubach, Pelplin-Gdańsk 2004
       – współwydawcą było WDP "Bernardinum".

61)  Borzyszkowy i Borzyszkowscy. Bąk – Karsin. Studia i materiały do dziejów wsi i rodziny, zebrał i opracował J. Borzyszkowski,
       t. 7, Gdańsk 2004.

62)  Z dziejów kultury Pomorza XVIII-XX wieku, t. 2, red. J. Borzyszkowski, C. Obracht-Prondzyński, Gdańsk 2004
       – współwydawcą było Wydawnictwo Uniwersytetu Gdańskiego.

63)  "Na początku było Oksywie". Księga pamiątkowa z okazji 750-lecia określenia granic parafii oksywskiej 1253-2003,
       zebrał i opracował J. Borzyszkowski, Pelplin 2004 – współwydawcą było WDP "Bernardinum".

64)  Józef Borzyszkowski, O Kaszubach w Kanadzie, Gdańsk 2004 – współwydawcami było Wydawnictwo Uniwersytetu Gdańskiego
       oraz Elbląska Uczelnia Humanistyczno-Ekonomiczna.

65)  Cezary Obracht-Prondzyński, Bibliografia do studiowania spraw kaszubsko-pomorskich, Gdańsk 2004.

66)  Paweł Dzianisz, Anna Kościelecka, Nadbałtyckie spotkania, Gdańsk 2004.

67)  Wysiedlenia na Pomorzu w latach 1944-1948, materiały pokonferencyjne pod red. J. Borzyszkowskiego, Gdańsk 2004
       – współwydawcą był Związek Przyjaciół Pomorza.

68)  Jerzy Affeltowicz, Gdy napisy w kamieniu porosną mchem. Z życia w Borach w XIX wieku, Gdańsk 2004.

69)  O życiu i twórczości Hieronima Derdowskiego (1852-1902), red. J. Borzyszkowski, Gdańsk-Wejherowo 2004
       – współwydawcą było Muzeum Piśmiennictwa i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.


2005 r.
70)  Józef Borzyszkowski, The Kashubs, Pomerania and Gdańsk, tłum. T. Wicherkiewicz, Gdańsk-Elbląg 2005
       – współwydawcami było Wydawnictwo Uniwersytetu Gdańskiego i Elbląska Uczelnia Humanistyczno-Ekonomiczna.

71)  Róża Ostrowska, Wyspa, Gdańsk 2005.

72)  Paweł Naczyk, Dziennik wojenny 1940-1947, opr. Z. Szultka, Gdańsk 2005.

73)  Jan Mordawski, Statystyka ludności kaszubskiej. Kaszubi u progu XXI wieku, Gdańsk 2005.

74)  Józef Borzyszkowski, Môdro kraina. Dzieje gminy Parchowo, Gdańsk-Parchowo 2005 – współwydawcą był Urząd Gminy Parchowo.

75)  Else-Elżbieta Pintus, Meine wahren Erlebnisse. Moje prawdziwe przeżycia, opr. J. Borzyszkowski, tłum. M. Szewczyk, Gdańsk 2005.

76)  Pro memoria. Maria Kowalewska (1921-2004), zebrał i opracował J. Borzyszkowski, Gdańsk 2005.

77)  Edmund Wittbrodt, Konwent europejski, Gdańsk 2005.

78)  Feliks Sikora, Kalendarium Kaszubsko-Pomorskie, Gdańsk 2005.

79)  Pro memoria. Leonard Brzeziński (1904-1984), zebrał i opracował J. Borzyszkowski, Gdańsk 2005.

80)  Pro memoria. Józef Ceynowa (1905-1991), zebrał i opracował J. Borzyszkowski, Gdańsk 2005.

81)  VIII Konferencja Kaszubsko-Pomorska: Muzea pomorskie – twórcy, zbiory i funkcje kulturowe, red. C. Obracht-Prondzyński,
       Słupsk-Gdańsk 2005 – współwydawcą było Muzeum Pomorza Środkowego w Słupsku.

82)  Bajarz kaszubski. Bajki z "Gryfa" (1908-1912), opr. J. Borzyszkowski, Wejherowo-Gdańsk 2005, seria: "Biblioteka Kaszubska"
       – współwydawcą było Muzeum Piśmiennictwa i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie.


2006 r.
83)  Andrzej Groth, Człuchów w latach 1772-1815. Z problematyki małego miasta pomorskiego, Człuchów-Gdańsk 2006
       – współwydawcą było Muzeum Regionalne w Człuchowie.

84)  Hanna Popowska-Taborska, Szkice z kaszubszczyzny. Dzieje badań – dzieje języka – zabytki – etymologie, Gdańsk 2006.

85)  Janusz Jasiński, Pomorze – Kaszuby. Artykuły, rozprawy, recenzje, polemiki, Gdańsk 2006.

86)  Gabriela Szubstarska, Na przekór..., Gdańsk 2006 (tomik wierszy).

87)  Ruch kaszubsko-pomorski w XIX-XXI wieku. W pięćdziesięciolecie upowszechniania kultury Kaszub i Pomorza przez Zrzeszenie
       Kaszubsko-Pomorskie, katalog wystawy w Muzeum Piśmiennictwa i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wejherowie, czerwiec-lipiec 2006,
       Wejherowo 2006 – współwydawcami byli Nadbałtyckie Centrum Kultury i Muzeum Piśmiennictwa i Muzyki Kaszubsko-Pomorskiej w Wej-herowie.

88)  Ludowe Talenty 1971-2006, opr. T. Szymański, Gdańsk 2006 (wspólnie z Oddziałem Gdańskim ZK-P).

89)  Gerard Labuda, Historia Kaszubów w dziejach Pomorza (do 1525 r.), Gdańsk 2006.

90)  Krzysztof Jażdżewski, Kościerskie lasy. Nadleśnictwo Kościerzyna 1775-2005, Gdańsk-Kościerzyna 2006
       (wspólnie z Nadleśnictwem Kościerzyna).


Ponadto z inicjatywy Instytutu przy udziale J. Borzyszkowskiego ZG ZK-P wydał w 2001 r. publikację Leona Lubeckiego pt. Preparowanie dokumentów
i fałszowanie niektórych epizodów historii Tajnej Organizacji Wojskowej "Gryf Pomorski".

Co roku Instytut Kaszubski prezentuje swoje wydawnictwa na Targach Książki Kaszubskiej i Pomorskiej w Kościerzynie, otrzymując tam wysokie
wyróżnienia. W 2003 roku biografia A. Majkowskiego została wyróżniona pierwszą nagrodą, a w 2004 r. tę samą nagrodę otrzymał
album o kapliczkach i krzyżach przydrożnych na Kaszubach. W tymże roku ponadto zbiór opowiadań Bolesława Jażdżewskiego
Jôrmark w Borzëszkach otrzymał nagrodę drugą w tej samej kategorii. Zaś w 2005 r. wyróżnienie otrzymały wspomnienia Elsy Pintus.

Pamiętając, że pierwsza książka sygnowana przez Instytut ukazała się w 1997 r. można stwierdzić, że co roku do rąk osób zainteresowanych
Kaszubami i Pomorzem trafia dziesięć instytutowych wydawnictw. Wydaje się, że nie jest to mało, zważywszy, że całe wydawnictwo opiera się
wyłącznie na pracy społecznej członków Instytutu. Rezygnują oni też z honorariów autorskich, wynagrodzenia za wykonane projekty graficzne,
tłumaczenia itd., przeznaczając zaoszczędzone w ten sposób środki na dalszy rozwój organizacji i realizację jej statutowych celów.

Ponadto należy podkreślić, że dzięki aktywności wydawniczej Instytutu zaczęły się pojawiać pierwsze prace naukowe pisane w języku kaszubskim.
Publikowano także wspomnienia i poezję pisane w tym języku, dbano o tłumaczenia utworów kaszubskich na inne języki. Wydano też ważne prace
o Kaszubach w językach angielskim i niemieckim, ułatwiając zagranicznym odbiorcom dotarcie do miarodajnej i rzetelnej informacji o tej społeczności.